Har ikke vært borti akkurat denne problematikken, men du kan fint formatere større minnepenner enn 32GB med FAT32 (FAT32 har en begrensning på 2TB/16TB avhengig av sektorstørrelse), men du får ikke gjort det med windows GUI.
Hvis du kjører powershell.exe kan du f.eks kjøre "format /fs:fat32 x:" der du bytter ut x: med stasjonsbokstaven til minnepennen for å formatere minnepenner større enn 32GB.